לא במקרה תוכן החלום של המלך הוא: "כוונתך רצויה אך מעשך אינו רצוי". זהו המסר העיקרי של הספר - לא מספיקה הכוונה אלא יש צורך גם לעבוד את ה' בחלק הגופני. בפנייתו לפילוסוף מקבל המלך את התשובה שעבודת ה' היא רק בתחום השכלי-רוחני, ואין לו לקב"ה כל עסק עם מעשיו של האדם. המלך דוחה את הפילוסוף כי הוא מרגיש שעבודת ה' צריכה לכלול גם פן מעשי - היא צריכה לנבוע מפנימיותו של האדם.
ספר הכוזרי פותח בחלומו של המלך ולא בהוכחות על קיומו של הקב"ה, או על מציאותו בעולם. נראה שריה"ל מנסה לומר שהבסיס לאמונה לא נובע מהוכחות שכליות, אלא מתוך אמונה פנימית.
הכוזרי טוען שמלחמות הדתות מעידות על כך שיש צורך לעשות מעשים בשביל לעבוד את הקב`ה. למה מוכיח הכורי את דבריו ממלחמות? נראה, שהוא חוזר לכך שמלחמה נובעת מרגש פנימי חזק. באמונה הדתית יש כח עוצמתי חזק וממלא, עד כדי מסירת נפשו של האדם
מהו היחס בין השכל וההגיון לבין האמונה? הכוזרי בתשובתו לנוצרי והמסולמי טוכן שיש ללכת אחרי ההגיון, אך גם להגיון יש מגבלות, וממילא יש אפשרות שהדת תגבר עליו - למשל כאשר ניתן לראות את אמיתות הדברים באופן ברור.
