הרב חיים נבון נולד ברמת גן וגדל באלקנה שבשומרון. בשנת תשנ"א החל ללמוד בישיבת הר עציון, עד לשנת תשס"ד. במקביל ללימודיו בישיבה למד לתואר ראשון בחינוך במכללת הרצוג, ולאחר מכן לתואר שני במחשבת ישראל באוניברסיטה העברית בירושלים.